Sim, o empregador poderá recusar, porém não poderá simplesmente deixar de efetuar o desconto relativo ao Aviso Prévio, pelo contrário, terá de indenizá-lo.
No que se refere à projeção desse período de aviso prévio quando dispensado do cumprimento pelo empregador, há entendimento que para fins de anotação em CTPS, fará a projeção, havendo reflexos para fins de férias e 13° salário.
Base Legal: Artigo 18º da Instrução Normativa n° 015/2010.